CRISPR/Cas系統(tǒng)是細(xì)菌和古細(xì)菌在不斷進(jìn)化的過(guò)程中產(chǎn)生的適應(yīng)性免疫防御機(jī)制,它應(yīng)用CRISPR RNA(crRNA)以堿基互補(bǔ)的形式引導(dǎo)相應(yīng)的Cas蛋白識(shí)別入侵的外源基因組,并對(duì)其DNA進(jìn)行剪切,用以保護(hù)自身的基因組免受外源核酸如噬菌體、病毒等的干擾和破壞。經(jīng)過(guò)人為改造后,可在真核細(xì)胞中實(shí)現(xiàn)高度靈活且特異的基因組編輯,通過(guò)設(shè)計(jì)特異性向?qū)NA(Single guide RNA, sgRNA)序列與靶序列進(jìn)行堿基配對(duì),從而引導(dǎo)Cas蛋白結(jié)合到靶序列處,行使DNA切割功能,然后利用細(xì)胞的非同源性末端連接(Non-homologous end joining, NHEJ)或同源重組(Homologous recombination,HR)修復(fù)機(jī)制對(duì)斷裂的DNA進(jìn)行插入缺失(Indel)、修復(fù)(Repair)或替換(Replacement)。由于其相對(duì)于鋅指核酸酶(ZFNs)和轉(zhuǎn)錄jihuo因子樣效應(yīng)物核酸酶(TALENs)技術(shù)更易于操作,而且更高效,因而被廣運(yùn)用于對(duì)基因組特定位點(diǎn)進(jìn)行靶向編輯。基因編輯脫靶將無(wú)處隱藏。溫州off-target脫靶檢測(cè)服務(wù)
圍繞大家關(guān)心的CRISPR基因編輯安全性問(wèn)題,我們首先對(duì)CRISPR脫靶位點(diǎn)檢測(cè)技術(shù)進(jìn)行一次大盤(pán)點(diǎn),在sgRNA設(shè)計(jì)階段需要如何做才能夠盡可能地避免脫靶現(xiàn)象的發(fā)生。較簡(jiǎn)單的脫靶位點(diǎn)檢測(cè)方法是全基因組測(cè)序(WGS),但在實(shí)際使用中,即使測(cè)序深度達(dá)到100X,也很難發(fā)現(xiàn)一些低頻率的脫靶位點(diǎn),同時(shí)測(cè)序成本卻非常高。為彌補(bǔ)WGS的這些缺陷,常見(jiàn)的脫靶位點(diǎn)檢測(cè)技術(shù)都需要對(duì)脫靶位點(diǎn)進(jìn)行捕獲富集,來(lái)提高檢測(cè)靈敏度,降低測(cè)序成本。按照實(shí)驗(yàn)原理的不同,脫靶位點(diǎn)檢測(cè)技術(shù)可以分為細(xì)胞外、細(xì)胞內(nèi)和其他特殊方法這3類(lèi)。臺(tái)州育種脫靶檢測(cè)guide-sequence內(nèi)基因編輯技術(shù)可能造成的脫靶效應(yīng),建立了一種被命名為GOTI。
細(xì)胞經(jīng)基因修飾后會(huì)改變其生物學(xué)特性,同時(shí)也會(huì)帶來(lái)新的安全性風(fēng)險(xiǎn),如基因編輯脫靶風(fēng)險(xiǎn)、載體插入突變風(fēng)險(xiǎn)、載體重組風(fēng)險(xiǎn)、表達(dá)的轉(zhuǎn)基因產(chǎn)物的風(fēng)險(xiǎn)等。在制定非臨床研究計(jì)劃時(shí),除參考《細(xì)胞zhilliao產(chǎn)品研究與評(píng)價(jià)技術(shù)指導(dǎo)原則》(試行)中的對(duì)細(xì)胞zhilliao產(chǎn)品的一般要求外,還應(yīng)具體問(wèn)題具體分析,基于產(chǎn)品特點(diǎn)和目前已有的科學(xué)認(rèn)知,結(jié)合擬定適應(yīng)癥、患者人群、給藥途徑和給yaofang案等方面的考慮,科學(xué)合理的設(shè)計(jì)和實(shí)施非臨床研究,充分表征產(chǎn)品的藥理學(xué)、毒理學(xué)和藥代動(dòng)力學(xué)特征。在進(jìn)行獲益風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估時(shí),還應(yīng)重點(diǎn)關(guān)注由非臨床向臨床過(guò)渡時(shí)非臨床研究的局限性和風(fēng)險(xiǎn)預(yù)測(cè)的不確定性。
堿基編輯器:CBE:胞嘧啶堿基編輯器(Cytosine base editor,CBE),依賴(lài)于胞嘧啶核苷脫氨基酶,通過(guò)將胞嘧啶核苷脫氨轉(zhuǎn)換為尿嘧啶核苷,尿嘧啶核苷在DNA復(fù)制和修復(fù)過(guò)程中會(huì)轉(zhuǎn)換為胸腺嘧啶核苷,從而實(shí)現(xiàn)C到T的轉(zhuǎn)換。已開(kāi)發(fā)出四代CBE(BE1、BE2、BE3和BE4),由于BE3引起的脫靶效應(yīng)相對(duì)較少,因此它已在動(dòng)物(小鼠)、細(xì)菌和植物細(xì)胞中廣用于編輯細(xì)胞的基因組成。腺嘌呤堿基編輯器(Adenine base editor,ABE),依賴(lài)于腺嘌呤核苷脫氨基酶,通過(guò)將腺嘌呤核苷脫氨轉(zhuǎn)換為次黃苷,然后在DNA復(fù)制和修復(fù)過(guò)程中會(huì)轉(zhuǎn)換為鳥(niǎo)嘌呤核苷,從而實(shí)現(xiàn)腺嘌呤(A)到鳥(niǎo)嘌呤(G)的轉(zhuǎn)換。新開(kāi)發(fā)的堿基編輯器ABE8e,比ABE7.10增加了590倍的靶向活性。挑選前面的潛在脫靶位點(diǎn),通過(guò)PCR測(cè)序驗(yàn)證是否脫靶。
當(dāng)基因zhiliao產(chǎn)品在生殖qiguan持續(xù)存在時(shí),需要進(jìn)一步研究確定其在生殖細(xì)胞(例如卵母細(xì)胞、精子)的暴露水平。根據(jù)載體類(lèi)型、復(fù)制能力、基因組整合特性、劑量水平、給藥途徑等因素,分析評(píng)估基因zhiliao產(chǎn)品生殖系整合風(fēng)險(xiǎn)。遺傳毒性,基因zhiliao產(chǎn)品將遺傳物質(zhì)轉(zhuǎn)移到宿主細(xì)胞內(nèi)或整合到宿主基因組中或?qū)λ拗骰蚪M進(jìn)行編輯,存在潛在的遺傳毒性風(fēng)險(xiǎn)。目前對(duì)于判斷細(xì)胞基因組插入/修飾是否會(huì)產(chǎn)生遺傳毒性、是否較終會(huì)發(fā)生變依然還缺乏系統(tǒng)的認(rèn)知,因此,需要分析基因組改變(載體或遺傳物質(zhì)整合進(jìn)基因組、對(duì)基因組編輯等)的特征,并評(píng)估相關(guān)潛在風(fēng)險(xiǎn)。脫靶檢測(cè)安評(píng),推薦唯可生物,實(shí)驗(yàn)實(shí)力強(qiáng),專(zhuān)業(yè)性高,檢測(cè)效率高,結(jié)果準(zhǔn)確率高。江蘇種子基因脫靶檢測(cè)方法
可以與靶基因之外的其他基因作用而非特異性阻斷基因表達(dá),即產(chǎn)生非靶基因的沉默效應(yīng)。溫州off-target脫靶檢測(cè)服務(wù)
基因編輯定量脫靶檢測(cè):基因編輯定量脫靶檢測(cè),使用CRISPR/Cas9、ZFNs和TALENs等設(shè)計(jì)核酸酶進(jìn)行基因組編輯,可以將遺傳物質(zhì)定向?qū)氩溉閯?dòng)物基因組的特定位點(diǎn)。然而,可能會(huì)出現(xiàn)非預(yù)期的靶上和靶外基因組修飾,這可能導(dǎo)致基因組不穩(wěn)定,并破壞正?;虻墓δ埽瑥亩赡軐?dǎo)致臨床前和臨床研究中的安全問(wèn)題。.基于PCR的檢測(cè)唯可生物采用LTA-PCR方法分析基因組編輯引起的靶向和非靶向整合。1.方便地檢測(cè)脫靶目標(biāo)變化和隨機(jī)性2.適用于解決監(jiān)管機(jī)構(gòu)提出的具體問(wèn)題3.定制化生物信息學(xué)分析基于NGS的檢測(cè)唯可生物使用靶向富集測(cè)序(TES)進(jìn)行全基因組檢測(cè)和定量靶向和非靶向改變。我們可在一次反應(yīng)中經(jīng)濟(jì)高效的捕獲所有可能的脫靶事件。1.基于NGS的方法–避免PCR偏倚2.捕獲預(yù)測(cè)和非預(yù)測(cè)的脫靶事件3.定制生物信息學(xué)分析.溫州off-target脫靶檢測(cè)服務(wù)